ปัจจุบันสังคมทั้งในระดับปัจเจก กลุ่มคน ชุมชน ประเทศ ภูมิภาพ และระดับโลก ตกอยู่ภายใต้ปัญหาความไม่สงบและความขัดแย้งนานัปการ โดยลักษณะของปัญหาและแนวทางการแก้ปัญหามีแนวโน้มที่จะนำไปสู่ความรุนแรงมากขึ้น ทั้งความรุนแรงเชิงโครงสร้าง ความรุนแรงเชิงวัฒนธรรม และความรุนแรงแบบเผชิญหน้า ความสูญเสียจึงปรากฏอยู่ทั่วไป ดังนั้นการสร้างจิตสำนึกแห่งสันติภาพให้เกิดแก่มนุษย์จึงเป็นหนทางแห่งสันติภาพที่สำคัญ

        สถาบันสันติศึกษา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2547 โดยการเสนอแนะของศาสตราจารย์นายแพทย์ประเวศ วะสี ดร.เอกวิทย์ ณ ถลาง และคุณโสภณ สุภาพงษ์ ในฐานะกรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิและการนาของรองศาสตราจารย์ ดร.ประเสริฐ ชิตพงศ์ อธิการบดีและผู้บริหารมหาวิทยาลัย ณ ขณะนั้น เพื่อสร้างองค์ความรู้และทักษะในการพัฒนาสังคมและทรัพยากรมนุษย์ตามแนวทางสันติวิธีด้วยกระบวนการด้านการจัดการความขัดแย้ง ด้านจิตตปัญญาศึกษา (การพัฒนามิติทางจิตใจ) ด้านสิทธิมนุษยชน และด้านสันติวิธีในวิถีอิสลาม โดยเริ่มเปิดสอนนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาความขัดแย้งและสันติศึกษา เป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2551 ปัจจุบันมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ประกาศจัดตั้งสถาบันสันติศึกษาเป็นส่วนงานภายในเทียบเท่าคณะ เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2554

         ปัจจุบันยังเป็นหน่วยงานที่ดำเนินงานด้านการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา สาขาวิชาความขัดแย้งและสันติศึกษาแห่งแรกในเขตภูมิภาคภาคใต้ เป็นองค์กรวิชาการด้านสหวิทยาบูรณาการ มุ่งเน้นการเรียนรู้ในเชิงองค์รวม เพื่อผลิตมหาบัณฑิตที่เท่าทันการเปลี่ยนแปลงของสังคม และมีศักยภาพในการวิเคราะห์ สร้างสรรค์สังคมเพื่อให้เกิดสันติภาพ ดังนั้น สถาบันฯ จึงมีความร่วมมือด้านการเรียนการสอน การวิจัยและการบริการวิชาการกับคณะต่าง ๆ เช่น คณะรัฐศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ วิทยาลัยอิสลามศึกษา วิทยาการสื่อสาร คณะวิทยาการจัดการ คณะการจัดการสิ่งแวดล้อม คณะศิลปศาสตร์ เป็นต้น ตลอดจนความร่วมมือทางวิชาการกับมหาวิทยาลัยต่าง ๆ ทั้งภายในและต่างประเทศ เช่น มหาวิทยาลัยมหิดล มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ สถาบันพระปกเกล้า ศูนย์ศึกษาสันติภาพและความขัดแย้ง จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย Royal Road University ประเทศแคนาดา Universiti Sains Malaysia (USM) สหพันธรัฐมาเลเซีย เป็นต้น