กองทุนวิจัยสถาบันสันติศึกษา ได้จัดตั้งขึ้นตามระเบียบมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ว่าด้วยเรื่องกองทุนวิจัยมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2544  เพื่อวัตถุประสงค์ดังต่อไปนี้
 - ส่งเสริมการวิจัย
 - พัฒนาบุคลากรด้านการวิจัย
 - สนับสนุนให้บุคลากรมีประสบการณ์ทำวิจัยต่างประเทศ
 - สนับสนุนเงินรางวัลให้งานวิจัยที่ประสบผลสำเร็จ
 - สนับสนุนการจดทะเบียนสิทธิบัตร
 - สนับสนุนการจัดหลักสูตรร่วมระดับบัณฑิตศึกษาที่เน้นการวิจัย
 - สนับสนุนอาจารย์ชาวต่างประเทศเป็นที่ปรึกษาวิจัยและวิทยานิพนธ์
 - วัตถุประสงค์อื่นที่เกี่ยวข้องกับการวิจัย

กองทุนวิจัยสถาบันสันติศึกษา ขับเคลื่อนการดำเนินงานกองทุนโดยคณะกรรมการบริหารกองทุนวิจัย โดยมีวาระการดำรงตำแหน่งคราวละสองปี และหน้าที่ดำเนินการให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของกองทุน โดยไม่ขัดกับนโยบายของมหาวิทยาลัยและส่วนงาน และดำเนินการขับเคลื่อนกองทุนให้เป็นตามระเบียบมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ว่าด้วยเรื่องกองทุนวิจัยมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2544 และ 2564