ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2547 โดยการเสนอแนะของศาสตราจารย์นายแพทย์ประเวศ วะสี ดร.เอกวิทย์ ณ ถลาง และคุณโสภณ สุภาพงษ์ ในฐานะกรรมการสภามหาวิทยาลัย ผู้ทรงคุณวุฒิและการนาของรองศาสตราจารย์ ดร.ประเสริฐ ชิตพงศ์ อธิการบดี และผู้บริหารมหาวิทยาลัย ณ ขณะนั้น เพื่อสร้างองค์ความรู้และทักษะในการพัฒนา สังคมและทรัพยากรมนุษย์ตามแนวทางสันติวิธีด้วยกระบวนการด้านการจัดการ ความขัดแย้งด้านจิตตปัญญาศึกษา ด้านสิทธิมนุษยชน และด้านสันติวิธีในวิถีอิสลาม