สถาบันสันติศึกษา เป็นส่วนงานวิชาการกลางของมหาวิทยาลัย มีภาระหน้าที่ในการวิจัยและบูรณาการองค์ความรู้วิถีการอยู่ร่วมกันอย่างสันติในสังคมพหุวัฒนธรรม และจัดการศึกษาในศาสตร์ที่เป็นความเชี่ยวชาญของสถาบันหรือภารกิจอื่นตามที่มหาวิทยาลัยมอบหมาย แบ่งออกเป็น 2 กลุ่มงาน ได้แก่
1) กลุ่มงานบริหารสถาบัน ประกอบด้วย สำนักงานบริหารสถาบัน
2) กลุ่มงานวิชาการ วิจัย นวัตกรรมและพันธกิจเพื่อสังคม ประกอบด้วย ศูนย์วิชาการความขัดแย้งและสันติศึกษา สถานวิจัยความขัดแย้งและความหลากหลายทางวัฒนธรรมภาคใต้ และศูนย์วิจัย บริการวิชาการ และนวัตกรรมสังคม