งานวิจัยสถาบันสันติศึกษา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ มีการดำเนินงานขับเคลื่อนสอดคล้องกับทิศทางการวิจัย (Research Road Map) ที่ทางสถาบันสันติศึกษาได้กำหนดไว้ โดยเน้นการวิจัยในมิติของกระบวนการสร้างสันติภาพ ความขัดแย้งและสันติวิธี สังคมพหุวัฒนธรรม และการสร้างความเข้มแข็ง บูรณาการภาคส่วนของสังคม ซึ่งงานวิจัยจะถูกขับเคลื่อนภายใต้ยุทธศาสตร์งานวิจัยและบริการวิชาการที่เน้นการบูรณาการข้ามศาสตร์ การพัฒนาขีดความสามารถของนักวิจัยและเครือข่ายวิจัย ตลอดจนการบริหารระบบงานวิจัยที่สอดคล้องกับความต้องการของผู้มีส่วนได้ส่วนเสียในทุกภาคส่วน เพื่อพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ให้มีความรอบรู้ด้านสันติวิธี แสวงหาสันติสุขในชุมชน นำแนวทางสันติวิธีและการเปลี่ยนแปลงความขัดแย้งมาเป็นยุทธศาสตร์ในการแก้ปัญหาความขัดแย้งในสังคมได้อย่างมีประสิทธิภาพ

       นอกจากนี้การผลิตงานวิชาการเพื่อเป็นองค์ความรู้สนับสนุน หรือหนุนช่วยกลไกในการแก้ปัญหาความขัดแย้งและความรุนแรงในจังหวัดชายแดนภาคใต้ จนได้พัฒนามาเป็นตัวแบบการทำงานขับเคลื่อนงานทางวิชาการ ภาคประชาสังคมและพื้นที่การสื่อสาร ขับเคลื่อนวาระสังคมและการสร้างสันติภาพด้วยองค์ความรู้ มีการประสานงานร่วมกันกับงานวิจัย บริการวิชาการ และนวัตกรรมสังคม เพื่อสร้างองค์ความรู้สำหรับเป็นแนวทางในการป้องกันและแก้ไขปัญหาอันเป็นอุปสรรคต่อการสร้างสันติสุขในสังคม โดยมีการผลิตผลงานวิจัย 4 มิติ ได้แก่ มิติการจัดการความขัดแย้ง มิติการจัดการสิ่งแวดล้อม มิติการพัฒนาองค์กรท้องถิ่น และมิติการอยู่ร่วมกันในสังคมพหุวัฒนธรรม มุ่งเน้นการนำไปใช้ประโยชน์เชิงวิชาการ มีการพัฒนาเครือข่ายความร่วมมือในการทำวิจัยทั้งในประเทศและต่างประเทศ เพื่อให้เกิดการทำงานแบบบูรณาการในการแก้ไขปัญหาความขัดแย้ง สนับสนุนกระบวนการสร้างสันติภาพที่ยั่งยืนในพื้นที่ชายแดนใต้